Les croix ci-dessus représentent schématiquement des molécules d'ADN cruciformes (obtenues par synthèse) qui ne peuvent s'assembler que si les couleurs correspondent. L'ordinateur à ADN calcule par auto-assemblage: On prépare une molécule initiale en forme d'équerre (traits jaunes ci-dessus) puis on laisse la chimie agir pour assembler ces molécules cruciformes sur le cadre. L'entropie n'ayant pas l'intelligence d'Emilio, il arrive parfois (et même souvent) que la réaction avorte prématurément. Par exemple, la situation ci-dessous est bloquante parce qu'il n'y a pas de pièces pouvant s'insérer à droite des croix rouges :
Seulement on met un grand nombre de cadres identiques dans la soupe d'ADN cruciforme et les nombreuses constructions bloquées comme celle ci-dessus, donnent des pavages plus légers que les "bons pavages". Ensuite on peut faire un tri (centrifugation ou électro-phorèse) par la masse, et les assemblages les plus lourds de l'éprouvette donnent la solution au problème. Bien entendu, s'il faut plusieurs heures pour effectuer une addition, ce n'est pas impressionnant. Mais pour des problèmes de la catégorie "NP", le haut degré de parallélisme obtenu devient intéressant.